Après les événements de la série télévisée, Yoko Godai, âgée de 18 ans, a abandonné son identité d'agent spécial Saki Asamiya pour reprendre une vie normale et se prépare désormais aux examens d'entrée à l'université. Cependant, elle tombe par hasard sur un jeune homme nommé Kazuo Hagiwara qui tente d'échapper à un groupe de tueurs à gages, et apprend qu'il vient de l'Académie Sanko, une école privée située sur une île isolée connue sous le nom de « Château de l'Enfer ». L'école est dirigée par un ancien révolutionnaire que l'on croyait mort, nommé Hattori, qui tente de laver le cerveau des élèves pour en faire des terroristes afin qu'ils l'aident à organiser un coup d'État fasciste au Japon.